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煤炭资源采矿权有偿使用制度就是采矿权人通过合法方式一次性付清相对资源租而后逐年缴纳绝对资源租而获得采矿权的制度。相对资源租制度是煤炭资源所有者出让采矿权而一次性收取相对资源租(又称红利，采矿权价款)的制度。绝对资源租制度是煤炭资源所有者依据所有权收取资源耗竭性补偿(又称权利金，耗竭性收益)的制度。相对资源租在前，绝对资源租在后，两者不能相互代替。无论相对资源租和绝对资源租，其对煤炭资源所有人和采矿权人的利益博弈都是重要的。
总体上看，我国煤炭资源采矿权有偿使用制度理论和实践都还比较落后，某些制度的负面作用甚至大于正面作用。
1.缺乏总体设计，费用项目多而杂，功能重复交叉。
煤炭资源采矿权有偿使用制度的整体框架不清晰，缺乏科学的总体设计；绝对资源租和相对资源租的性质和功能相交织，煤炭采矿权有偿使用费用包括采矿权价款、资源税、资源补偿费和增值税中的一部分，多达四类，费用名目多而杂、杂而散；煤炭资源税所含的级差收益调节与采矿权价款的级差收益调节功能明显地重复交叉，增值税中资源有偿使用功能与资源补偿费交叉重复。与市场经济国家相比，目前我国煤炭产品税费之重为世界之最，但煤炭资源有偿使用总费用却比这些国家低。
现行煤炭资源税、资源补偿费征收制度是20世纪90年代计划经济向社会主义市场经济过渡时期的产物，亦是国民经济明显粗放型增长时期的产物，已不能适应建设节约型和环境友好型社会的需要。虽然与煤炭产品相关的税和有偿使用费都是国家财政收入，但两者设立的理论依据、法律依据和实际操作完全不同，煤矿企业煤炭资源有偿使用费用进成本的会计科目也不同。
2.资源税制弊端。
煤炭资源税制在过去曾经发挥过积极作用，但是，随着采矿权价款制度的建立，其不科学性问题就越来越突出。
(1)资源税功能与采矿权价款功能重复，两者都有级差收益调节，不科学。例如，炼焦煤采矿权价款已经充分包含了煤种级差收益调节的因素，而资源税也包含此因素，两者功能重复。在其他条件相同的情况下，炼焦煤采矿权价款已经高于非炼焦煤种，而焦煤的煤炭资源税为8元/吨，比其他煤种的煤炭资源税额高出1倍以上。
(2)以政治权力为依据、按销售量收取的资源税制，不能起到级差收益调节的作用。在不改变资源税征收模式的情况下，无论资源税额标准多高，都只能起到增加地方财政收入的作用，而不能收到抑制资源浪费的效果，甚至进一步加剧了煤矿企业采富弃贫、浪费资源的行为。
(3)资源税额标准以行政单位确定不科学。一是各地方提出的标准相差很大，由此产生不公平。由于煤炭资源税是地方税，目前还有几个省(区、市)没有上调税额标准。现行非焦煤的资源税额标准范围为0.5元~4.0元/吨，最高与最低相差3.5元/吨。二是同一煤田资源却有不同的煤炭资源税，不合理。例如，鄂尔多斯煤田跨山西、陕西、内蒙古、宁夏和甘肃五省区，而此五省区的煤炭资源税额标准不同。三是一些煤炭资源条件差的省区的煤炭资源税额标准还高于资源条件好的省区。例如，湖北的煤炭资源条件差，如果从资源级差收益调节功能看，其资源税额应低于比其资源条件好的湖南，但其资源税额高于湖南。
(4)改革期的资源税制度没有与采矿权价款制度改革挂钩，造成不公平竞争。目前，已缴纳采矿权价款的与没有缴纳采矿权价款的都要缴纳相同标准的资源税，都被提高资源税额标准，明显不合理。
3.资源补偿费制度问题。
在煤炭资源补偿费计算公式“费额=矿产品销售收入×补偿费率×开采回收率系数”中，资源补偿费按销售收入计征比较合理，但与回收率挂钩，就不科学不可行。因为:(1)煤炭资源补偿费中的“矿山回收率”的概念不清，各地执行时标准可能不同。就煤矿矿井而言，“回收率”概念有三个:矿井回收率、采区回收率和采煤工作面回收率。此处的“回收率”是指哪个，没有明确规定。(2)对“矿井回收率”的确定缺乏有效的核实机制和监督机制，制度形同虚设。(3)理论上不可行。首先，资源回收率的确定比较复杂，核实和监督资源回收率的成本很高。资源空间形态的差异是资源回收率不同的客观条件，资源煤炭资源的赋存形态不同，在一定的技术经济条件和一定采煤方法限定下采出的煤炭数量不同。严格地讲，科学地核定煤矿资源回收率需要地质、测量和采矿专业技术人员参与，而税务部门难以配置这些专业人员。回收率的确定只能由采矿权人报告，核查只能流于形式。其次，目前我国有煤矿约1.8万个，大致相当于世界其他产煤国煤矿数量之和，这些煤矿分布在26个省市区(原为27个省市区，2006年4月广东省已退出煤炭行业)。煤矿数量之多，分布面之广，核查回收率工作量之大，政府部门不可能有那么多的人力去做。(4)资源补偿费提高资源回收率功能与采矿权价款的提高资源回收率功能重复交叉，不合理。(5)实践已证明资源补偿费与回收率挂钩制度不可行。全国实行这一制度十几年，但是煤炭资源回收率还是很低。(6)改革期的资源补偿费制度没有与采矿权价款制度改革挂钩，已缴纳采矿权价款的与没有缴纳采矿权价款的都实行相同的资源补偿费费率，明显不合理、不公平。
4.煤炭增值税混淆了税与资源有偿使用费的概念。
(1)税与资源有偿使用费的性质、功能不同。
在性质上，税是国家凭借政治权力强行地无偿地征收的国家财政收入，而煤炭采矿权有偿使用费是国家凭借煤炭资源所有权收取的资源资产收益，两者性质完全不同。因此，国家凭借政治权力征收的增值税、资源税与体现国家所有权益的资源补偿费存在交叉。新的自然资源价值观认为煤炭资源不但有使用价值，而且有价值，有增值性，煤炭资源采矿权能够出让和转让。然而，与制造加工业等产业产品的价值、增值性截然不同的是，煤炭产品的价值、增值性只与煤炭资源自然禀赋、耗竭性相关，而与生产技术进步和设备更新无关。但煤炭增值税制度恰恰忽视了煤矿企业的劳动对象是不可再生的自然资源这一特殊性。实际上，煤炭开采行业生产具有一定的第一产业性质。对煤炭开采业设立增值税而且是生产型增值税实际上将煤炭开采业视同为制造业、加工业，设立所谓的“先征后返”制度又形成其分配不公平和管理成本增加的弊端。在功能上，税收是国家为保证国家管理运行而设置的财政收入，实际操作中可以减免等优惠，而煤炭资源采矿权有偿使用费是国家对煤炭资源的所有权收益，不能减免。虽然增值税和资源有偿使用费都是国家财政收入，但会计科目不同。
(2)增值税造成煤矿企业税负高与采矿权有偿使用费低的矛盾。
1994年税制改革前后，其他行业的税负变化不大，但却大大加重了煤炭开采业税负。因为煤炭开采的不可再生的自然资源，购买原材料的进项税抵扣比制造加工业等行业企业少得多，实际税负比1994年税制改革前高出近7个百分点!但与世界主要产煤国相比，我国绝大多数采矿权人却没有缴纳采矿权价款而导致煤炭资源采矿权有偿使用总费用低的不合理现象。
5.采矿权价款制度的弊端。
(1)由于理论认识和法律法规上将采矿权与国家是否出资勘察相联系，我国煤炭资源采矿权价格普遍存在低估现象。例如，山西省现行的煤炭资源采矿权价款标准明显低，最高价款标准才3.8元/吨。(2)矿业权价款的确定不规范。主要表现在:一是采矿权价值评估不规范。二是采矿权价格确定不规范。三是采矿权价款标准确定不规范。(3)出让方式有弊端。主要表现在:一是申请出让、协议出让会助长垄断；二是备案制不符合国家经济体制改革的大方向；三是采矿权拍卖行为不规范，政府监管不到位。有的拍卖中介机构置国家法律法规于不顾，在没有通过国土资源部门审批前就发布公告，擅自拍卖。(4)煤炭资源采矿权制度改革与实践滞后导致煤炭资源大量浪费，生产秩序混乱，影响到国家能源安全和国民经济的正常运行。
6.煤炭资源采矿权有偿使用管理体制上的弊端。
目前，我国煤炭资源有偿使用制度实行中央和省级政府两级管理，有的省区甚至要求县级政府部门也制定有偿使用方案，成了事实上的多级管理。这种管理体制带来一系列问题:(1)弱化了宏观控制，强化了地方保护，不利于全国煤炭资源的优化配置；(2)导致各地配置煤炭采矿权掌握的标准不同，不利于煤炭经济有计划经济向市场经济体制转型；(3)增加了腐败风险；(4)增加行政成本、降低管理效率；(5)采矿权备案制既与煤炭资源有偿使用改革的大方向不协调，既造成了采矿权人之间的不公平竞争，又弱化了国家的煤炭资源所有权管理，降低了国家煤炭资源资产收益；(6)缺乏反垄断反腐败监督体制和机制。
